در جنوب شرقی باروی قدیم میبد، برج کبوتر خانه میبد با ارتفاع حدود هشت متر و در سه طبقه با مصالحی چون خشت خام و گل ساخته شده است. در این برج چهار هزار لانه کبوتر وجود دارد و در ساخت آن از معماری اصیل یزد پیروی شده است. کبوتر خانهها را کفتر خان یا کبوتر خان نیز می نامند که به منظور جمع آوری کود کبوتران و استفاده از این کودهای بسیار مرغوب در کشاورزی و بهبود کیفیت خاک کاربرد دارند. پوشش گنبدی شش ضلعی، تلهی مارگیر و تزئینات گچی این برج را به یکی از زیباترین کبوتر خانههای ایرانی مبدل ساخته است.
زمانی که کبوتران احساس خطر میکنند به طور ناگهانی شروع به پرواز کرده و موجب ایجاد ارتعاشی در داخل برج میشوند. برای رفع این مشکل، یک طبقه در میانهی برج و طاق هایی بین استوانه خارجی و داخلی تعبیه شده اند تا از ارتعاشات آن جلوگیری کند. نمای بیرونی برج کبوتر خانه میبد نقش و نگارهای تزیینی منحصر به فردی دارد. داخل بنا شش ضلعی با طاق های جناغی شکل است و سقف کبوتر خانه به صورت گنبدی ۶ ضلعی همراه با تزیینات گچبری و کنگره ای شکل می باشد. در این برج استوانه ای شکل، لانه های پرندگان همگی به شکل مستطیل هستند.
بر روی پشت بام برج کبوتر خانه میبد چهار برج کوچک و یک برج بزرگ قرار دارند که در واقع محل ورود و خروج کبوتران هستند و پرندگان مهاجم به دلیل ابعاد خاص مجراهای ورودی نمی توانند از آن عبور کنند، در نتیجه امنیت کاملا برقرار است. خط سفید ای دور بنا وجود دارد که موجب جذب کبوترها به این محل شده، همچنین از نفوذ خزندگان و دیگر حیوانات به داخل بنا هم جلوگیری می کند. درون بنا به دلیل طراحی بی نظیر در تابستان خنک و در زمستان مکانی امن برای پرندگان در برابر وزش بادهای شدید است. از جمله جاذبه های دیگری که در نزدیکی کبوترخانه قرار دارند، می توان چاپارخانه میبد و کاروانسرای شاه عباسی را نام برد.