آثار تاریخی متعددی از دوران کهن ایران زمین در شهر کویری یزد بر جای مانده، یکی از این بناهای قدیمی زندان اسکندر می باشد که در منطقهی فهادان و در میدان امام، کوچه رختشوی خانه قرار گرفته است. حدود ۸ قرن پیش ضیاءالدین حسین رضی ساخت بنا را آغاز کرد و در سال ۷۰۵ هجری قمری به کمک مجدالدین حسن و شرفالدین علی که از پسران ضیاءالدین بودند به بهره برداری رسید. برخی روایات قدمت ساخت آن را زمان حمله اسکندر مقدونی به ایران می دانند و اسناد و نشانه هایی از سال ۶۳۱ هجری قمری در آن مشاهده می شود.
درآن زمان بنای کنونی به عنوان زندان کاربرد داشته و از آن برای زندانی کردن تبعیدیان اسکندر مقدونی استفاده می شد، اما بعدها به عنوان مدرسه ضیائیه به فعالیت خود ادامه داده وحدود هشت قرن محل تدریس و مجالس بحث و بررسی افراد سرشناس بوده است. زندان اسکندر، نما و معماری ساده اما در عین حال بی نظیری دارد. در ساخت این بنا فقط از خشت خام استفاده شده که دلیل ماندگاری بنا تاکنون نیز همین مصالح استفاده شده در ساخت می باشد. بنای مدرسه ضیائیه یزد دارای حیاطی است که سه ایوان در پیرامون آن قرار دارد. گنبد بنا قدیمی و دارای ارتفاع ۱۸ متر و از خشت خام درست شده شامل تزئینات و آرایش گچبری، نقاشی با آبرنگ طلایی و لاجوردی بوده و بخش بزرگی از آن از بین رفته است.
درگذشته کتیبه هایی در چهار دیوار داخلی گنبد بوده که، بسیاری از آنها اکنون تخریب شده اند. چاهی با قطر حدود ۲ متر در وسط حیاط این ساختمان وجود دارد که به سردابی به عمق حدود ۵ متر ختم می شود، همچنین مجموعه ای از سنگ لوحه و سنگ قبرهای قدیمی در این مجموعه وجود دارد. از جمله مکانهای تاریخی که در نزدیکی این بنای باشکوه قرار دارند بقعهی دوازده امام یزد، خانهی لاریها و موزه سکه و مردم شناسی حیدرزاده، می باشند که می توانید در برنامه سفر خود بازدید از آنها را نیز بگنجانید.