موزه مارکار در ساختمانی با قدمت بیش از 80 سال در نزدیکی میدان مارکار قرار دارد و با نام موزه تاریخ و فرهنگ زرتشتیان نیز شناخته می شود. سال ها پیش در این محدوده یک مجموعه شامل پرورشگاه، خوابگاه شبانه روزی، برج ساعت و دبیرستان توسط شخص سرشناسی به نام پشوتن جی مارکار ساخته شده که در سال 1394 آقای اسفندیار اختیاری، به زیرزمین پرورشگاه مارکار نظم بخشید و این موزه باشکوه را راه اندازی کرد. این بنا به عنوان خوابگاه شبانه روزی دانش آموزان مارکار کاربرد داشته و نقش عمدهای در آموزش و پرورش شهر یزد ایفا کرده است.
به سبب معماری خاص عمارت از نور خورشید به صورت بهینه استفاده شده و انرژی مدت زیادی در آن می ماند. موزه تاریخ و فرهنگ زرتشتیان در زیر زمین مجموعه با پستو و راهروهای پر پیچ و خم قرار دارد. در طاقچه های این موزه باستانی با تاریخچه مجموعه آموزشی مارکار و زندگی نامه پشوتن جی دوسابایی مارکار روبه رو می شوید. در بخش جشن ها و مراسمات موزه با آیین سنتی زرتشتیان همچنین مجسمه هایی از زنان و مردان با لباس های ویژه هر مراسم، آشنا می شوید.
اشوزرتشت نخستین پیام آور ایرانی، گاتها کتاب مقدس زرتشتیان، پوشش سنتی زرتشتیان، زیارتگاه های زرتشتیان مانند چک چک و بنا های شاخص زرتشتیان مانند دخمه و آتشکده یزد از جمله قسمت های موزه می باشند که گردشگران می توانند با آنها آشنا شوند. منبع تامین آب مورد نیاز ساختمان از آب انبار، گاو رو، پاکنه و راه قنات بوده و میتوانید در طول بازدید خود از آنها نیز دیدن کنید. پرورشگاه یکی از مکان هایی مهم این مجموعه محل نگهداری کودکان بی سرپرست زرتشتی بوده، که هنوز هم به فعالیت خود به صورت کم رنگ تری ادامه میدهد، همچنین حمام و سرویس بهداشتی قدیمی در گوشه حیاط به چشم می خورد که یکی از بهترین قسمت های این موزه می باشد.