مقبره شیخ حیدر، که در مرکز شهر مشگینشهر قرار دارد، بخشی از مجموعهای تاریخی است که زمانی به عنوان قبرستان شهر عمل میکرد. این بنا به یاد شیخ حیدر، پدر شاه اسماعیل اول و پسر شیخ جنید، بنا شده است. شیخ حیدر به دلیل شجاعتهایش در جنگ با شروان شهرت دارد و در همان نبردها کشته شد. پیروان او پس از مرگش، جسد وی را به مشگینشهر منتقل کرده و برای او آرامگاهی ساختند که تبدیل به مکان مقدسی برای زیارت پیروانش شد. با این حال، جسد شیخ حیدر توسط پسرش شاه اسماعیل صفوی، بیست و دو سال پس از مرگش به اردبیل منتقل و در آرامگاه خانوادگی کنار جد بزرگش شیخ صفیالدین به خاک سپرده شد. امروزه، مقبره شیخ حیدر در مشگینشهر تنها نمادی از مدفن اولیه وی است و محل دفن واقعی او در اردبیل قرار دارد.
مقبره شیخ حیدر با قدمتی مربوط به قرن هفتم و هشتم هجری قمری، یکی از نمونههای معماری دوران صفوی به شمار میرود. برجی با ارتفاع 18.5 متر و قطر 10.5 متر که بر پایهای به ابعاد 34.5 متر بنا شده است. دونالد ویلبر، مورخ و معمار، بیان میکند که این بنا در دوره صفویه تکمیل و کاشیکاری شده است. از ویژگیهای خاص آن میتوان به دو طبقه بودنش اشاره کرد، با طبقه فوقانی عمومی و طبقه تحتانی به شکل سردابه که خود از دو قسمت مستطیل و هشت ضلعی تشکیل شده است.
بنا از داخل دارای دوازده ضلع است و سقفی گنبدی شیروانی دارد که سقف اصلی آن در حملات روسها تخریب و مجدداً بازسازی شده است. مصالح به کار رفته در ساخت این بنا عبارتند از سنگ در پایهها و آجر در دیوارهها. کاشیکاریهای آبی رنگ بر بدنه آجری بنا، هرچند در بخشهایی فرسوده شدهاند، اما همچنان زیبایی خود را حفظ کردهاند. نقشهای کلماتی مانند «الله، و محمد و علی که برخی از آنها به دلیل بیتوجهی فروریختهاند، الهام گرفته از گنبد شیخ صفیالدین اردبیلی هستند و در نگهداری بهتری برخوردار بودهاند.
مجموعه تاریخی بقعه شیخ حیدر، که به دلیل معماری و قدمت تاریخیاش شناخته شده است، به عنوان فضایی دلنشین برای پیادهروی و تجربه آرامش توسط گردشگران و اهالی محلی مورد استفاده قرار میگیرد. این مجموعه با داشتن بناهای تاریخی، موزه، غرفههای صنایع دستی، سالنهای نمایش و سایر فضاهای جذاب، فرصتی برای آشنایی با تاریخ و فرهنگ منطقه فراهم میکند. علاوه بر این بقعه، قلعههای کهنه قلعه و قلعه بربر نیز به عنوان بخشی از میراث تاریخی مشگینشهر شناخته میشوند. پل معلق مشگینشهر، که یکی دیگر از جاذبههای این شهر است، به خاطر هیجان و چشماندازهای خیرهکنندهای که ارائه میدهد، شهرت جهانی یافته و هر ساله پذیرای گردشگران بسیاری است.